Linka 139 je nejen díky své dlouhé trase ze stanice metra Želivského přes Vršovice, Nusle, Michli, Kačerov, Krč, Lhotku do Komořan, ale také díky relativně krátkým intervalům a nasazením kapacitních kloubových autobusů brána za jednu z páteřních autobusových linek v jižní části města. Číslo 139 bylo poprvé použito v roce 1966, kdy v trase Vysočany - Ohrada nahradila trolejbusovou linku 56, vedenou v naprosto stejné trase. V roce 1970 byla prodloužena na nové autobusové nádraží v Novém Hloubětíně. V této trase vydržela až do roku 1981, kdy byla převedena do nové trasy Náměstí Míru – Sídliště Spořilov.

K datu otevření tramvajové tratě Ohrada - Palmovka v roce 1990 obsadila linka 139 trasu již podobnou té dnešní, Želivského - Vavřenova. Konečnou Vavřenova si s linkou 170 prohodila za Na Beránku v roce 1995, opět při příležitosti otevření nové tramvajové tratě, tentokrát do Modřan. K příležitosti spuštění nové "metropolitní" sítě PID k 1. září 2012. ale linka prošla další změnou, kdy místo do sídliště "Na Beránku" začala obsluhovat okrajovou pražskou čtvrť Komořany.

Protože je linka 139 vedena ve vcelku atraktivní trase, je posilována a prokládána s dalšími dílčími autobusovými linkami s podobným směrováním – do exponovaného svazku linek Michle – Krč – Nové Dvory lze zařadit zejména linky 139, 150 a 196, před několika málo lety by do něj jistě spadaly i dnes již přetrasované či zrušené linky 106 a 182. Na všechny tři linky tohoto svazku jsou nejen v obdobích s vyšší přepravní poptávkou nasazovány kloubové autobusy.